新农合患者住院费用分单病种的定额补偿和非单病种的按比例补偿两种方式。住院所患疾病属于规定的单病种范围内的疾病时，患者只需交纳规定的自付部分和自费费用，补偿金额由定点医疗机构和经办中心进行结算，补偿金额不变。超定额费用由医疗机构承担，结余费用归医疗机构。非单病种的住院费用减去区县规定的起付线及新农合不予报销和自己承担的部分费用，剩余部分按区县规定的比例进行报销。